| Partite | Andata 05-07-2012 |
Ritorno 12-07-2012 |
Partite | Andata 05-07-2012 |
Ritorno 12-07-2012 |
| Trans Narva (Estonia) - Inter Baki (Azerbaijan) | 0-5 | 0-2 | Dacia Chisinau (Macedonia) - Celje (Slovenia) | 1-0 | 1-0 |
| MTK Budapest (Ungheria) - Senica (Slovacchia) | 1-1 | 1-2 | Suduva (Lituania) - Daugava (Lettonia) | 0-1 | 3-2 |
| Tirana (Albania) - Grevenmacher (Lussemburgo) | 2-0 | 0-0 (giocata 10/7) |
KuPS Kuopio (Finlandia) - Llanelli (Galles) | 2-1 | 1-1 |
| Torpedo Kutaisi (Georgia) - Aktobe (Kazakistan) | 1-1 | 0-1 | Cliftonville (Irlanda del Nord) - Kalmar (Svezia) | 1-0 | 0-4 |
| Borac Banja Luka (Bielorussia) - Celik Niksic (Montenegro) | 2-2 | 1-1 | Vikingur (Isole Far Oer) - Gomel (Bielorussia) | 0-6 (giocata 03/7) |
0-4 |
| Baki FK (Azerbaijan) - Mura (Slovenia) | 0-0 | 0-2 | FH Hafnarfjordur (Islanda)-Eschen Mauren (Liecht.) | 2-1 | 1-0 |
| Elfsborg (Svezia) - Floriana FC (Malta) | 8-0 | 4-0 (giocata 10/7) |
Lech Poznan (Polonia) - Zhetysu Taldykorgan (Kazak.) | 2-0 | 1-1 |
| Renova (Macedonia) - Libertas (San Marino) | 4-0 | 4-0 | Xazar Lankaran (Azerbaijan) - Nomme Kalju (Estonia) | 2-2 | 2-0 (giocata 10/7) |
| FC Santa Coloma (Andorra) - Osijek (Croazia) | 0-1 | 1-3 | Birkirkara FC (Malta) - Metalurg Skopje (Macedonia) | 2-2 | 0-0 |
| Jagodina (Serbia) - Ordabasy Shimkent (Kakak.) | 0-1 | 0-0 | Pyunik (Armenia) - FK Zeta (Montenegro) | 0-3 | 2-1 |
| Differdange 03 (Lussemburgo) - NSI Runavik (Isole Far Oer) | 3-0 | 3-0 | Teuta (Albania) - Melalurgi Rustavi (Georgia) | 0-3 | 1-6 |
| Crusaders (Irlanda Nord) - Rosenborg (Norvegia) | 0-3 | 0-1 | Olimpia Lubiana (Slovenia) - Jeunesse Esch (Luss.) | 3-0 | 3-0 |
| Cefn Druids (Galles)-Myllykosken Pallo (Finlandia) | 0-0 | 0-5 | EB/Streymur (Far Oer) - Gandzasar Kapan (Armenia) | 3-1 | 0-2 |
| Levadia Tallin (Estonia) - Siauliai (Lituania) | 1-0 | 1-2 | Saint Patrick's (Irlanda)-IBV Vestmannaeyjar (Islanda) | 1-0 | 1-2 (d.t.s.) |
| Bohemians (Irlanda) - Thor Akureyri (Islanda) | 0-0 | 1-5 | La Fiorita (San Marino) - Ljepajas Metalurgs (Lettonia) | 0-2 | 0-4 |
| Sarajevo (Bosnia/Erzegovina) - Hibernians (Malta) | 5-2 | 4-4 | JJK Jyvaskyla (Finlandia) - Stabaek (Norvegia) | 2-0 | 2-3 |
| Twente (Olanda) - UE Santa Coloma (Andorra) | 6-0 | 3-0 | Bangor City (Galles) - Zimbru Chisinau (Macedonia) | 0-0 | 1-2 |
| Rudar Pljevlia (Montenegro) - Shirak (Armenia) | 0-1 | 1-1 | FK Skendija (Macedonia) - Portadown (Irlanda Nord) | 0-0 (giocata 03/7) |
1-2 (giocata 10/7) |
| Flamurtari (Albania) - Honved Budapest (Ungheria) | 0-1 | 0-2 | Nota: Le squadre in grassetto accedono al turno successivo | ||